Ústavní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Zdeňka Kühna (soudce zpravodaje), soudkyně Lucie Dolanské Bányaiové a soudce Josefa Fialy o ústavní stížnosti stěžovatelky obchodní společnosti MB PHARMA s.r.o., sídlem Rubešova 72/9, Praha 2 - Vinohrady, zastoupené JUDr. Jakubem Hlínou, LL.M., advokátem, sídlem Havlíčkova 1680/13, Praha 1 - Nové Město, proti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 27. března 2025 č. j. 6 Afs 116/2024-53 a rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 11. dubna 2024 č. j. 15 Af 2/2023-72, za účasti Nejvyššího správního soudu a Městského soudu v Praze, jako účastníků řízení, a Odvolacího finančního ředitelství, sídlem Masarykova 427/31, Brno, jako vedlejšího účastníka řízení, takto:

Ústavní stížnost se odmítá.

Odůvodnění:

I.
Popis věci a její procesní vývoj

1. Stěžovatelka požaduje zrušit v záhlaví označená rozhodnutí. Tvrdí, že správní soudy porušily její ústavně zaručené právo zakotvené v čl. 36 odst. 1 Listině základních práv a svobod.

2. Z ústavní stížnosti, napadených rozhodnutí a vyžádaných soudních spisů plyne následující. Stěžovatelka je biotechnologickou a farmaceutickou obchodní společností. Ve zdaňovacích období roku 2015 a 2016 si snížila daňový základ dvěma způsoby: jednak uplatněním daňových odpisů hmotného majetku, jmenovitě lyofilizačního zařízení a analytických přístrojů [§ 24 odst. 2 písm. a) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů], jednak položkami odčitatelnými od základu daně, jmenovitě odpočet na podporu výzkumu a vývoje (§ 34 odst. 4 téhož zákona). Daňové orgány měly ovšem pochybnosti, zda si stěžovatelka snížila základ daně po právu.

3. Finanční úřad pro Jihočeský kraj uzavřel, že stěžovatelka nemohla snížit daňový základ žádným z výše uvedených způsobů. Odvolací finanční ředitelství nicméně rozhodlo, že stěžovatelka oprávněně uplatnila daňové odpisy hmotného majetku. Daňový odpočet na podporu výzkumu a vývoje ovšem nikoli. Změnil proto dodatečné platební výměry takto: doměřená daň a uložené penále za rok 2015 činí 1,5 mil. Kč a 310 tis. Kč a za rok 2016 jen 1 330 Kč a 266 Kč. Sporné tedy zůstalo jen to, zda daňové orgány měly uznat odpočet na podporu výzkumu a vývoje.

4. Stěžovatelka se nejprve obrátila na Městský soud v Praze. Ten uzavřel, že stěžovatelka skutečně nemohla uplatnit sporný daňový odpočet. Stěžovatelka totiž nesplnila všechny formální podmínky, které zákon o daních z příjmů klade na projektovou dokumentaci. Neuvedla jména všech osob, které odborně zajišťovaly řešení projektu [§ 34c odst. 1 písm. e) zákona o daních z příjmů]. Ukázalo se, že na řešení projektu se podílelo více osob, celkem devět (stěžovatelka uvedla jen jednu osobu). Není pravda, že tyto osoby vykonávaly jen pomocnou, nekvalifikovanou práci. Naopak, projekt byl vysoce odborně zaměřený (kvantifikace plasmidové DNA pomocí qPCR) a z povahy vyžadoval účast odborně erudovaných osob. Všechny zúčastněné osoby (jako svědci) shodně uvedly, že byly odbornými pracovníky a že prováděly výzkum. Městský soud zdůraznil, že tento druh daňového odpočtu je velmi atraktivní. Umožňuje, aby tentýž údaj byl při stanovení základu daně použit dvakrát: jednou při určení dílčího základu daně (výdaj na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů, srov. § 24 zákona o daních z příjmů), podruhé při snížení již určeného dílčího základu daně (§ 34 odst. 4 téhož zákona). Jde o daňové dobrodiní, jehož uplatnění zákon podmiňuje splněním přísných požadavků kladených na projektovou dokumentaci. Pokud takový dokument nesplňuje byť jedinou formální podmínku, daňový subjekt nemůže uplatnit daňový odpočet. Protože stěžovatelčina projektová dokumentace neobsahovala jména všech osob, které se na věci odborně podílely, nemohla si snížit základ daně.

5. Stěžovatelka neuspěla ani s kasační stížností, Nejvyšší správní soud ji zamítl. Také on zdůraznil, že uplatnění tohoto typu daňového odpočtu provází velmi přísné podmínky. Že projektová dokumentace musí zahrnout všechny osoby, potvrzuje též historický vývoj a proměny § 34c odst. 1 písm. e) zákona o daních z příjmů. Pokud nejsou splněny formální podmínky, je zbytečné zkoumat splnění podmínek materiálních. Stěžovatelčina námitka, že jiné osoby poskytovaly jen pomocné práce, není pravdivá. Upozornění městského soudu na vysokoškolské vzdělání dalších osob podporuje závěr, že na řešení projektu odborně nepodílela jen jedna osoba. To potvrzují výpovědi svědků. I kdyby šlo o dílčí formální nedostatek, nelze uznat daňový odpočet, a to v plné výši. Zákon neumožňuje jen částečné odepření daňového odpočtu. Městský soud nepřekročil rámec soudního přezkumu správního rozhodnutí. Je sice pravda, že se daňové orgány nikdy nevyjádřily ke stěžovatelčině námitce ohledně výkonu práce pomocné povahy jinými osobami. Dále je pravda, že tuto námitku vypořádal poprvé až městský soud. Šlo však o důsledek její argumentační strategie. Stěžovatelka nejprve tvrdila, že osoby nemohla zahrnout do dokumentace z objektivních důvodů. Později tvrdila něco jiného - že tyto osoby vykonávaly jen pomocné práce. Městský soud tedy její žalobu nezamítl z jiných skutkových či právních důvodů. Závěr, že další osoby se odborně podílely na projektu, má oporu v daňovém spise.

II.
Argumentace stěžovatelky

6. V ústavní stížnosti stěžovatelka předkládá tři argumenty neústavnosti. Zaprvé, městský soud rozhodl na podkladě jiného skutkového stavu věci, resp. učinil místo daňových orgánů nová skutková zjištění. Zadruhé, přísné lpění na formálních požadavcích u projektové dokumentace se příčí pravidlu v pochybnostech mírněji (in dubio mitius) a porušuje princip přiměřenosti. Zatřetí, ztráta daňového odpočtu v plné výši v důsledku neuvedení všech jmen osob je příliš přísná, nemá žádnou oporu v zákoně, není předvídatelná (v minulosti dle stěžovatelky ani judikatura nebyla ustálená) a je fakticky trestem.

III.
Procesní předpoklady řízení před Ústavním soudem

7. Ústavní stížnost byla podána včas oprávněnou stěžovatelkou. Ústavní soud je k jejímu projednání příslušný. Stěžovatelka je řádně zastoupena (§ 29 až 31 zákona č. 182/1993 Sb., o Ústavním soudu). Vyčerpala též všechny zákonné procesní prostředky k ochraně svých práv (§ 75 odst. 1 téhož zákona). Ústavní stížnost je přípustná.

IV.
Posouzení ústavní stížnosti

8. Jedním z ústavních principů, na kterém je založeno správní soudnictví, je princip plné jurisdikce. Správní soudy neposuzují jen právní otázky, ale také otázky skutkové. Jde o požadavek, který plyne nejen z judikatury Ústavního soudu, nýbrž také z judikatury Evropského soudu pro lidská práva [takto již nález ze dne 27. 6. 2001 sp. zn. Pl. ÚS 16/99 (N 96/22 SbNU 329); nověji rozsudek velkého senátu ESLP ze dne 6. 11. 2018 Ramos Nunes de Carvalho e Sá proti Portugalsku, spojené stížnosti č. 55391/13, 57728/13 a 74041/13, § 176 až § 178].

9. Pokud tedy stěžovatelka naznačuje, že správní soudy nemohou činit žádná skutková zjištění, mýlí se. Mohou, a to na základě § 77 soudního řádu správního.

10. Podstata stěžovatelčiny první výtky ovšem leží někde jinde. Argumentuje, že městský soud neměl vůbec reagovat na její novou právní argumentaci (pomocná povaha práce dalších zapojených osob) a že měl bez dalšího zrušit rozhodnutí daňového orgánu. Ústavní soud však upozorňuje, že stěžovatelčin požadavek by se dostal do pnutí s mnoha požadavky ústavního významu, zejm. s povinností řádně odůvodnit soudní rozhodnutí. Pokud žalobce ve správní žalobě vznese nové právní argumenty, správní soudy na ně musí reagovat [v tomto smyslu nález ze dne 17. 12. 2008 sp. zn. I. ÚS 1534/08 (N 225/51 SbNU 807), bod 14; dále srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 2. 5. 2017 č. j. 10 As 24/2015-71, č. 3577/2017 Sb. NSS, body 37 a 38].

11. Tvrdí-li stěžovatelka, že krajský soud fakticky zopakoval důkazy (svědecké výpovědi) a dovodil z nich jiná skutková zjištění, nemá pravdu. Krajský soud neučinil žádná nová skutková zjištění. Jen zdůraznil určitou okolnost, kterou daňové orgány zjistily, ovšem při hodnocení důkazů ji upozadily. Již rozhodnutí vedlejšího účastníka naznačilo, že účast dalších osob na projektu nebyla jen okrajová, tedy pomocné povahy. Krajský soud toto skutkové zjištění jen zdůraznil, byť jinými slovy.

12. Stěžovatelka dále namítá, že správní soudy zvolily příliš přísný výklad. Nesouhlasí, že nesplnění byť jediné zákonné podmínky znamená ztrátu nároku na odpočet ze základu daně. Domnívá se, že výkladové pravidlo in dubio mitius je namístě, obzvlášť k obsahově nejasnému požadavku "odborné zajišťování". K tomu Ústavní soud uvádí, že uvedené pravidlo má zpravidla místo tam, kde panuje zásadní výkladová pochybnost (nedávno nález ze dne 30. 4. 2025 sp. zn. I. ÚS 2693/23, bod 27). Ve stěžovatelčině případě tomu tak není. Existuje tu totiž ustálená judikatura (srov. odkazy na judikaturu v bodech 28 a 29 rozsudku Nejvyššího správního soudu), kterou správní soudy musely zohlednit [nález ze dne 13. 9. 2007 sp. zn. I. ÚS 643/06 (N 142/46 SbNU 373), bod 51].

13. Ke stěžovatelčině kritice, že daňové orgány jí v rozporu s principem přiměřenosti odepřely odpočet v plném rozsahu, Ústavní soud dodává následující. Pokud zákon umožňuje snížit daňový základ o 100 %, případně o 110 % výdajů vynaložených na výzkum a vývoj, logicky musí daňové orgány odepřít snížení ve stejné procentuální výši (srov. § 34a odst. 1 zákona o daních z příjmů). Tím Ústavní soud neříká, že v daňovém a vůbec finančním právu nemá princip přiměřenosti své místo. Nic však zákonodárci nebrání, aby přistoupil na velmi přísnou právní úpravu, u níž nesplnění byť jediné podmínky zapříčiní ztrátu zákonného benefitu. A nezakotvil-li ani možnost správního uvážení, a tedy možnost přihlédnout k míře porušení zákonných podmínek, nutně to nevyvolává problém ústavního významu. Ostatně správní soudy se této otázce věnovaly velmi pečlivě a zvážily všechny její ústavní konotace.

14. Stěžovatelka dále namítá, že odepření daňového odpočtu je trestem (sankcí) a že správními soudy zvolený výklad porušuje její legitimní očekávání. Stěžovatelka se však mýlí, odepření odpočtu na podporu výzkumu a vývoje není trestem. Jde o daňověprávní opatření, které představuje logický důsledek nesplnění přísně stanovených zákonných podmínek. Na rozdíl od daňového penále nemá odstrašující či sankční účinky (blíže rozsudek velkého senátu ESLP ze dne 23. 11. 2006 Jussila proti Finsku, č. 73053/01, § 38). Není ani pravda, že stěžovatelka nemohla očekávat správními soudy zvolený výklad. Předně Ústavní soud upozorňuje (podobně, jako správní soudy) na historický vývoj § 34c odst. 1 písm. c) zákona o daních z příjmů, který - doplněním slova "všech" - podtrhuje požadavek na uvedení všech osob v projektové dokumentaci (shodně bod 32 napadeného rozsudku NSS). Je sice pravda, že judikatura správních soudů dříve odmítla přepjatý přístup daňových orgánů při naplňování formálních náležitostí. To však změnila novelizace zákona o daních z příjmů, která s účinností od ledna 2006 tyto náležitosti zakotvila přímo do textu zákona (srov. rozsudek NSS ze dne 12. 1. 2017 č. j. 9 Afs 144/2016-51, bod 42).

15. Ústavní soud nezjistil žádné porušení ústavně zaručených práv stěžovatelky. Odmítl proto ústavní stížnost mimo ústní jednání bez přítomnosti účastníků jako návrh zjevně neopodstatněný [§ 43 odst. 2 písm. a) zákona o Ústavním soudu].

Poučení: Proti usnesení Ústavního soudu není odvolání přípustné.

V Brně dne 2. července 2025

Zdeněk Kühn v. r.
předseda senátu